El principio fundamental de funcionamiento de un espumador de proteínas es la flotación provocada de la materia orgánica disuelta y las partículas en suspensión y su recogida en una cámara colectora para su retirada. Para provocar esta flotación artificial se inyectan burbujas de aire en el agua mediante un tipo Venturi.

Para que este proceso se pueda llevar a cabo es necesario que las sustancias orgánicas o las partículas tengan una mayor afinidad para unirse a las burbujas de aire que al agua, de manera que la corriente de aire sea capaz de arrastrarlas hasta la parte superior del espumador. Las sustancias que tengan mayor afinidad al aire que al agua se eliminarán. Esta afinidad viene dada por la tensión superficial del agua que es la tensión que presenta una superficie líquida en contacto con la atmósfera o su vapor, es decir una fase gaseosa.